No Linux, o Samba é apenas outro daemon do servidor (ou cliente de serviço, se você não estiver executando a parte do servidor). Nem o servidor nem o cliente podem assumir automaticamente a administração da caixa do Linux só porque você disse para eles ingressarem em um domínio do Windows.
Agora, se você quisesse forçar todos os usuários locais a efetuar login e autenticar no WDS, você pode. (Eu acho). Mas isso não é um requisito. Sem configuração especial, isso não afetará a rede padrão e o gerenciamento de usuários da sua caixa do Linux.
Veja o Samba HOWTO em associação a domínios para participar com um servidor Samba, ou veja esta subseção se você estiver ingressando via cliente Samba (ou seja, não executando um servidor Samba na caixa).