Sim, existem duas opções.
Opção 1)
Tenha arquivos similares ou os mesmos arquivos .htaccess em todos os diretórios que você deseja proteger, que fazem referência a um único arquivo .htpassword:
AuthUserFile /etc/httpd/.htpasswd
AuthName "Some Secret FIles"
AuthType Basic
require valid-user
Opção 2) Symlink um único arquivo .htaccess em todos os diretórios (isso significa que, se você alterar qualquer coisa no seu arquivo master .htaccess, todos os links simbólicos serão atualizados