Você pode usar uma configuração como esta:
<Directory ~/site/backups>
<Limit WRITE>
DenyAll
</Limit>
</Directory>
que essencialmente faz o mesmo que esta configuração:
<Directory ~/site/backups>
# Delete Files
<Limit DELE>
DenyAll
</Limit>
# Remove directories
<Limit RMD>
DenyAll
</Limit>
# Make Directory
<Limit MKD>
DenyAll
</Limit>
# Rename From / To
<Limit RNFR>
DenyAll
</Limit>
<Limit RNTO>
DenyAll
</Limit>
# Write Files
<Limit STOR>
DenyAll
</Limit>
</Directory>