O que você quiser;)
Para mim, a decisão seria se o sistema é realmente um servidor. Um servidor para mim é sem cabeça (portanto, nenhum monitor) e destina-se a mais de uma pessoa para se conectar. Como se estivesse segurando seu site ou você forneça um serviço sftp para pessoas que você conhece.
Se você pretende que esta seja uma máquina onde você quer usá-la para si mesmo, eu iria para um desktop com o software instalado que você precisa.
Configurar um servidor a partir de um desktop é provavelmente mais fácil de fazer e mais fácil de manter do que configurar um servidor a partir da instalação do servidor. Esse último será mais limpo e, como um servidor oferece resultados para os clientes, o mais rápido é melhor.