Seu Apache provavelmente está atingindo o limite máximo de arquivos abertos. O Apache causará erros de permissão e também explica por que demora um pouco e é resolvido com o recarregamento do Apache.
Eu não estou familiarizado com o Mac, mas deve haver um comando para verificar os arquivos abertos de um processo. (por exemplo, lsof, pfiles, procfiles).
Possíveis resoluções são:
- Aumentar o máximo de arquivos abertos (ulimit)
- Reduza o número de arquivos de log
- Verifique se o código PHP fecha todos os seus arquivos
Veja também Limite do Descritor de Arquivo na documentação do Apache.