Grátis, o Nessus é bom de usar, mas tem uma curva de aprendizado, já que você terá que trabalhar para ajustar sua configuração exata. É um scanner de vulnerabilidade. Eeye, Qualys e outros como eles são scanners de vulnerabilidade compráveis.
Caso contrário, o System Center Operations Manager / Configuration Manager, o Symantec Control Compliance Suite e o equivalente da Altiris ao System Center podem determinar as configurações. Essas soluções também oferecem opções adicionais além de apenas um scanner de vulnerabilidades. Por exemplo, eles também podem gerenciar as configurações.
Outra opção é determinar quais configurações você deseja impor e criá-las como GPOs. Dessa forma, você tem uma aplicação obrigatória.