Dê uma olhada no comando ncftp e seu ncftpput -R .
Eu preciso de algo como o Filezilla que faça a mesma coisa em um console. O cliente ftp padrão no Ubuntu só pode fazer upload de arquivos, o mput parece não funcionar nas pastas. Eu tenho muitas pastas e subpastas e fazê-lo via linha de comando é uma dor. Também scp etc não é uma opção para mim. Obrigado.
lftp em conjunto com o comando mirror -R .
A família ncftp é um cliente de linha de comando muito eficiente que suporta tudo o que você quer, incluindo tarefas interativas e em lote.