O Acrobat Reader tem um parâmetro "silencioso", por isso você pode fazer:
AcroRd32.exe /t "C:\test.pdf" "\servername\printername"
no seu arquivo de lote para imprimir pdfs na linha de comando.
Algo como
for /f "tokens=*" %%a in ('dir /b *.pdf') do printit.bat %%a
Onde o printit.bat usa impressões usando o leitor e exclui o arquivo (se você quiser).