Com o ID que você já usou em yum history info <id> , basta reverter a instalação das atualizações se você quiser:
yum history undo/redo/rollback <id>
Qual dos comandos que você deseja usar depende do que você deseja fazer. De man yum :
The undo/redo commands act on the specified transaction, undo'ing or repeating the work of that transaction. While the rollback command will undo all transactions up to the point of the specified transaction. For example, if you have 3 transactions, where package A; B and C where installed respectively. Then "undo 1" will try to remove package A, "redo 1" will try to install package A (if it is not still installed), and "rollback 1" will try to remove packages B and C. Note that after a "rollback 1" you will have a fourth transaction, although the ending rpmdb version (see: yum version) should be the same in transactions 1 and 4.
Em relação à segunda parte da sua pergunta, os pacotes foram alterados:
Claro que sim, caso contrário não haveria uma versão mais recente do pacote. Você pode comparar o conteúdo dos pacotes com o conteúdo da versão anterior, mas a mudança de versão no seu caso é tão pequena que eu não me incomodaria. A versão do software contida no pacote não mudou, é apenas algo alterado pelo mantenedor do pacote em si.
Como você está fazendo tudo isso em um ambiente de teste (você está certo?), deve ser seguro reinicializar o servidor e apenas experimentá-lo. Você ainda pode reverter para as versões mais antigas se algo inesperado aparecer.