você precisa de um subshell. tente isso:
count=$(mysql -u mysql -pMysql123 -h xxx.xxx.xxx.xxx MYDBNAME -sse "select count(column) from TABLE where column=1234;")
if [ $count -gt 0 ]
then
echo " greater that 0 "
else
echo " lower than 0 "
fi
também tome nota da opção -s
:
--silent, -s
Silent mode. Produce less output. This option can be given multiple times to produce less and less output.