O Wget não faz mais do que um navegador da web, com a única exceção de que pode ser dito para sugar um site inteiro que ele pode fazer sem demora e que em um navegador da web real é quase impossível de fazer rapidamente. Eu geralmente uso, por exemplo, para pegar dados em um diretório particular hospedado em um site, pois para alguns trabalhos ele é muito mais eficiente do que usar o FTP - o URL direciona-o para o subdiretório correto. Esse uso realmente reduz a utilização total de recursos e é totalmente legítimo.
Portanto, se houver justificativa para fazer navegação na web ou FTP, o uso do wget deve ser visto apenas como outra forma de navegação; Eu não bloquearia isso, não, pelo menos não indiscriminadamente.
Eu procuraria usuários individuais que possam estar causando um problema e conversem com eles. Ou, empurre-o para uma prioridade mais baixa usando as ferramentas do SO.