Eu tive problemas semelhantes ao reiniciar repetidamente o Apache no meu laptop (para mim, foram necessárias cerca de 40 reinicializações); a única solução que encontrei foi reiniciar totalmente o computador. Claro, meu laptop tem 2GB de RAM e muito mais espaço em disco do que seu servidor provavelmente faz, então você pode se deparar com esse problema mais rapidamente ... basicamente, eu evito reiniciar o Apache muitas vezes sem reiniciar o servidor por completo.