Meu palpite é que é o seu créditos de E / S do EBS . Monitore isso com a métrica BurstBalance CloudWatch. Por favor, cheque, poste um gráfico, e se não é que eu vou pensar um pouco mais.
Atualização - esse terceiro gráfico que pedi para você adicionar mostra que você ficou sem créditos da CPU. Sua CPU está sendo estrangulada. Você pode aceitar o desempenho mais lento ou mudar temporariamente para uma instância mais adequada.
Isso parece bastante intensivo da CPU. Você poderia mover para um t2 grande e obter quatro vezes a capacidade da CPU, ou eu provavelmente mudaria para uma instância m4 de uso geral por um tempo. Alterar o tipo de instância é fácil: interrompa a instância, clique com o botão direito do mouse, altere o tipo de instância e, em seguida, inicie-a novamente.