sudo iptables -A INPUT -i eth0 -p tcp -m tcp --dport 3306 -j ACCEPT
Este é quase certamente o seu problema. O firewall padrão do CentOS colocaria essa regra na cadeia INPUT após a regra DROP all. Isso significa que a regra nunca é posta em prática.
Use iptables -I INPUT ...
para inserir uma regra no começo da sua cadeia e você deve estar pronto.