Tente instalar (ou reinstalar) o pacote ubuntu-desktop por:
sudo apt-get install ubuntu-desktop
Esta é uma captura de tela da minha janela Configurações do Sistema . Como você pode ver, faltam os ícones para: "Aparência", "Contas on-line", "Segurança e privacidade" e "Hora e data". Como posso restaurá-los?
Para comparação, esta é uma captura de tela de a janela padrão Configurações do sistema no Ubuntu 13.10 .
Tente instalar (ou reinstalar) o pacote ubuntu-desktop por:
sudo apt-get install ubuntu-desktop