du file
não é uma maneira adequada de medir o tamanho do arquivo. Até mesmo a primeira linha da página de manual diz o uso do espaço no arquivo «du - estimativa »(Meu itálico).
Em vez disso, use um ou mais dos seguintes métodos (outros também existirão):
ls -l file # byte size should be the same on both sides
cksum file # checksum should be same result on both sides
md5sum file # checksum should be same result on both sides
stat -c %s file # byte size should be same result on both sides