Claro que sim. Por que não?
Não há nada que diga que você não pode usar os contadores do perfmon e vCenter para monitorar o desempenho de suas VMs - o perfmon é melhor ou mais fácil de configurar para algumas métricas, e os contadores do vCenter são para outros métricas, por isso, faz sentido usar qualquer uma que se ajuste melhor à métrica e propósito específicos que você está monitorando.
E sim, os contadores de perfmon são precisos para máquinas virtuais e físicas. Dependendo do que, precisamente, você está querendo monitorar, a máquina virtual pode ou não ter acesso às informações que você deseja, no entanto. Se você quisesse monitorar o IOPS pelo LUN em uma máquina virtual com suporte da SAN, você teria que usar os contadores do vCenter, é claro, mas se você só queria total IOPS (para ver se algum aplicativo está martelando o disco, ou assim ), então perfmon seria perfeitamente capaz de monitorar com precisão para esse fim.