Obviously there is a performance penalty
Hah? De onde isso é magicamente suposto vir? O host Hyper-V é um Núcleo Padrão com alguns serviços não disponíveis para instalação. A documentação de licenciamento diferente não vai magicamente torná-lo mais rápido.
One of our guys set up Server 2008 core a while ago
Espero que tenha sido há muito tempo, pois esta é uma tecnologia ATUALMENTE 2 gerações atrás (2008 R2, 2012) e SOON (como no próximo mês) 3 gerações atrás. Agora eu sei que algumas organizações querem executar coisas REALMENTE desatualizadas - talvez ele devesse experimentar o Windows 95 ou o DOS como host;)
found it was a nightmare - the command line is not familiar for a unix guy and management is > a right pain
Porque você não deve usá-lo. O host do Hyper-V é praticamente para pessoas que executam configurações maiores, nas quais as ferramentas de administração são executadas em outro computador.
Tecnicamente, é 100% idêntico a um Núcleo de Servidor configurado semelhante.
But one of our guys said that this should be avoided and he would never recommend it as the industry standard is VMWare ESXi, Citrix Xen or Hyper-V.
Ele é uma daquelas pessoas que deveriam ser demitidas. Incompetência mostrando sua cabeça feia. No local. Ele parece não entender que o Hyper-V é a tecnologia - não o produto do servidor. Há algumas vantagens em executar o servidor Hyper-V (principalmente: mais memória), mas você precisa lidar com o licenciamento separadamente (não vai entrar nisso).
De qualquer forma, o Hyper-V se refere ao Hyper-V - nenhuma diferença entre o servidor Hyper-V e a função Hyper-V do Windows Server.
É totalmente razoável executar o WIndows Server como host. Tem muitas vantagens - especialmente em configurações menores, nas quais você realmente gosta de ter uma interface do usuário em seu host (apenas?).