Só para adicionar que o código-fonte também menciona isso:
Eu verifiquei um instantâneo recente. Especificamente, proftpd-cvs-20130903/contrib/mod_sql_mysql.c
:
485 /* Make sure the MySQL config files are read in. This will read in
486 * options from group "client" in the MySQL .cnf files.
487 */
488 mysql_options(conn->mysql, MYSQL_READ_DEFAULT_GROUP, "client");