Você tem algum índice nessa tabela?
Por favor, poste a saída de:
EXPLAIN SELECT iwords FROM wordstable WHERE iwebs = 'a1';
Em seguida, publique a saída do seguinte conjunto de comandos:
SET profiling=1;
SELECT iwords FROM wordstable WHERE iwebs = 'a1';
SHOW profile;
Isto lhe dirá onde o MySQL trava e então você pelo menos saberá por onde começar.
ATUALIZAÇÃO:
Depois de assistir sua pergunta atualizada, eu não sei porque o MySQL não consegue encontrar uma chave adequada para executar sua consulta. Quão vasto é o conjunto de valores que os "iwebs" podem conter? Suas durações são claramente tiradas do cache. Você deve redefinir o cache de consulta do MySQL via
RESET QUERY CACHE;
se você tiver direitos de recarga, caso contrário, use
FLUSH QUERY CACHE;
Se você não puder fazer este comando também, terá que reiniciar sua instância do servidor MySQL.
Volte a executar seus comandos com o sinalizador SQL_NO_CACHE, como disse Nebu, só para ter certeza de que isso não atrapalha.
Então:
EXPLAIN SELECT SQL_NO_CACHE iwords FROM wordstable WHERE iwebs = 'a1';
SET profiling=1;
SELECT SQL_NO_CACHE iwords FROM wordstable WHERE iwebs = 'a1';
SHOW profile;