O Linux não é realmente o fator limitante quando se trata do tamanho máximo do disco, contanto que você se atenha ao ext3,4 ou xfs. Se você está executando uma placa principal recente com SATA você está pronto, já que o SATA tem 48bit LBA para endereçar o disco.
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Ext3 tem alguns limites no tamanho máximo do disco, devido ao tamanho do bloco escolhido. Com um tamanho de bloco de 4KiB, o tamanho máximo do arquivo é 2TiB e o tamanho máximo do disco 16TiB.
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Outra leitura muito perspicaz está aqui: Qual é a partição máxima suportada no linux?