Ok, consegui que funcionasse - espero que isso ajude os outros no futuro:
Encontrou o seguinte bilhete:
A partir daqui, usei o seguinte comando:
Isso foi porque a atualização de alguma forma conseguiu remover o setuptools pacote do meu ambiente python. Executando o comando abaixo fixo setuptools e me permitiu usar pip para desinstalar e reinstalar flexget.
curl link | sudo python
Flexget instalado com sucesso
Limpar ...
vince@hal:~$ flexget -V
1.2.125
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