Esse é um comportamento normal. A maioria do servidor FTP bloqueia o usuário em seu respectivo diretório inicial para impedir o acesso a outros arquivos do sistema de arquivos. Isso é chamado de "chroot", porque você muda o diretório raiz do processo.
No vsftp, por exemplo, você pode desabilitá-lo editando o arquivo de configuração /etc/vsftpd/vsftpd.conf
e alterando este valor para não:
chroot_local_user=no