Você não está pensando no problema da maneira correta; você está tentando aplicar uma solução para instalações da área de trabalho da Microsoft em um servidor Linux. Cavilha quadrada, buraco redondo.
O Linux não está imune a malware - mas estratégias diferentes são muito mais eficazes.
Portanto, presumivelmente, você não leu nenhuma das pesquisas publicadas no software antivírus que mostrou que você não recebe realmente o que paga ao comprar um software antivírus de forma bastante consistente nos últimos 10 anos. Os grandes nomes são grandes nomes devido ao bom marketing, e não à qualidade do software (embora eu admita que o Kaspersky é relativamente bom como um programa antivírus para máquinas e servidores desktop da Microsoft).My preference would be a big-name commercially-supported one
Um scanner de malware deve ter uma lista muito pequena de prioridades para proteger seu servidor da web. E não virá em uma caixa embrulhada da PC World.
A primeira coisa que você precisa é de um processo para gerenciar o software no servidor - a distribuição do Linux e qualquer outro software. Você precisa saber quando os patches estão disponíveis e se eles terão um impacto negativo em seu serviço e você precisará implantá-los com eficiência.
Você também precisa configurar seu servidor adequadamente - removendo componentes desnecessários e configurando um firewall. Você também precisará de segurança adicional em torno do acesso ssh - port knocking ou fail2ban. Idealmente, o conteúdo da Web deve ser armazenado em um disco montado somente para leitura.
Em seguida, na lista, há um sistema de detecção de invasões baseado em host - tripwire ou LIDS.
Então, você pode considerar usar um caçador de rootkits.
No final do dia não há substituto para o conhecimento e a melhor coisa que você pode fazer para tornar seu sistema seguro é gastar muito tempo lendo a segurança do Linux / Unix.