Já existe um processo do MySQL Server Daemon sendo executado em 3306 como PID 3966. Ele poderia facilmente ser um processo que sobrou do que parece ser uma desinstalação bastante suja. Você pode matar o processo de várias maneiras, incluindo (mas não limitado a):
pkill mysqld
kill -9 3966
Você pode verificar se ele foi executado executando novamente o comando lsof ou:
ps -ef | grep mysqld
Uma vez que você tenha certeza de que o processo se foi, sua instância do MySQL do MySQL deve ser capaz de iniciar.