Como diz SvenW, formate a unidade USB no sistema de arquivos nativo para o FreeNAS, e você deve estar bem.
Como alternativa, arraste os arquivos do NAS1 para o disco rígido. Isso deve isolar os atributos, independentemente do sistema de arquivos do disco rígido.
Acho que as alterações de atributo não farão com que o rsync transfira o arquivo novamente, de qualquer forma. O rsync deve apenas estar alterando os atributos nesse caso.