Exclusão
rm -r merge/* merge/.*
rm: "." and ".." may not be removed
Você pode ignorar com segurança esse aviso. Pessoalmente, eu provavelmente apenas rm -r merge
e nuke o diretório em si.
Copiando
cp -r core/ merge/
... mas isso sobrescreverá o diretório de mesclagem.
cd core && find . -exec cp "{}" "../merge/{}" \;
Um pouco mais lento e difícil de escrever, mas funcional e não atrapalha o diretório pai.
Tudo de uma vez
rsync -av --delete core/ merge/