Geralmente, você pode redefinir uma chave para seu valor padrão com
gsettings reset SCHEMA [:PATH] KEY
Portanto, você pode usar um script bash para todas as chaves disponíveis.
Algo como (pseudocódigo):
for i in /dir/of/keys
do
gsettings reset <key-path>
done
Veja a man-page para mais informações: man gsettings