Veja a seguir o que o FAQ do Pidgin pede para você fazer:
Localize ou crie seu arquivo gtkrc-2.0 e insira:
binding "my-bindings" { bind "Return" { "insert-at-cursor" ("\n") } bind "<ctrl>Return" { "message_send" () } } widget "*pidgin_conv_entry" binding "my-bindings"
O arquivo gtkrc em questão está no seu diretório pessoal. O arquivo gtkrc específico do pidgin está em
~/.purple/gtkrc-2.0
Se não existir, vá em frente e crie - deve funcionar.