O Windows Sharepoint Services pode usar uma versão incorporada do SQL 2005 (acredito que seja a edição Express, mas com o limite de 4 GB removido), o que provavelmente é o que você está usando aqui. Obviamente, se você estiver usando a versão incorporada, isso vem com o WSS e, portanto, você não está pagando para licenciá-lo.
O Exchange não usa o SQL Server, portanto, não há dependência.
Portanto, pelo que você explicou até agora, não parece haver uma razão pela qual você tenha que ficar com o SQL Server (embora, obviamente, o seu WSS continue a usá-lo).
Editar
Como você está usando o TFS, precisará de alguma forma de SQL Server, mas pode ser a edição Express se estiver satisfeito com o limite de 10 GB (com 2008 R2 Express, 4 GB com 2005). Se não, você precisará pagar por isso.