Na minha opinião, sua melhor aposta aqui é não tentar copiar o antigo servidor atacado para o seu servidor antigo, particularmente usando qualquer tipo de clonagem ou backup, pois é muito provável que você encontre erros com os controladores de disco sendo incompatíveis, ou alterar o número ou processadores etc.
Em vez disso, o que eu faria seria analisar os serviços em movimento. Então, em primeiro lugar, faria da nova máquina um controlador de domínio, replicaria o AD para ele e, em seguida, moveria as funções FSMO para o novo servidor. Quando isso estiver funcionando, olhe para o Exchange.
Não é aconselhável executar o Exchange em um controlador de domínio, mas entendo que, em alguns casos, é necessário. Então, eu instalaria o Exchange em minha organização existente do Exchange, verificaria se ele está funcionando e, em seguida, mova as caixas de correio do servidor antigo.
Eu então continuo o processo, movendo DNS, DHCP, serviços de certificados, etc. para a nova caixa. Você pode deixar ambas as caixas em funcionamento por um tempo, se desejar, e quando estiver satisfeito, você poderá remover a troca da caixa antiga, rebaixá-la para um servidor membro e desativá-la se desejar.
Fazer isso dessa forma significa que você pode mover cada serviço pouco a pouco e voltar à sua configuração original se algo der errado, em vez de um movimento big bang.