O SSRS 2008 (por padrão) não depende do IIS. Você pode executá-los lado a lado, se desejar, mas não é mais necessário.
Para configurar as URLs para acessar o SSRS, use a Ferramenta de Configuração do Reporting Services - provavelmente você deseja a configuração "Avançada" para o Gerenciador de Relatórios.
Consulte o link a seguir para obter instruções detalhadas sobre como configurar URLs no SSRS 2008.
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