Como suas atualizações do WSUS estão sendo aplicadas? Automaticamente instalado, em seguida, solicitar uma reinicialização, ou baixado automaticamente, em seguida, solicitar a instalação? Você nunca quer deixar um servidor de produção em um estado em que os patches foram instalados e está solicitando uma reinicialização. Isso deixa o servidor em um estado 'intermediário', no qual não está em um nível de patch ou outro. O ideal é sempre ativar a instalação do patch (manualmente) e depois reinicializar o servidor imediatamente após a conclusão.