A primeira coisa a verificar é o seu log de consultas lentas. Você pode ter que configurá-lo, pois não tenho certeza se ele está configurado por padrão em todas as versões do MySQL. A configuração padrão geralmente é registrar todas as consultas que duram mais de 3 segundos.
Pode muito bem ser que você tenha uma consulta específica que seja muito longa e bloqueie as tabelas para muitas outras consultas, isso deve aparecer no log de consultas lentas com muita clareza.
Se este for o caso, os próximos passos são:
- execute a consulta por meio
EXPLAIN
para ver o que o o motor está fazendo - descubra onde a consulta está executar.
Se o seu log de consultas lentas não mostrar nada, então é hora de procurar em outro lugar.
Você pode usar nagios, cacti ou mrtg para monitorar coisas como taxa de transferência de dados em interfaces ethernet, status de interface, transferências de disco etc. Essas ferramentas podem ser facilmente configuradas para fornecer gráficos (cactos, mrtg) ou enviar mensagens de alerta (cactos, nagios) quando determinados limites são excedidos.