Acredito que o mysqldump é melhor usado em servidores nos quais você não irá reter tráfego. Nas tabelas myisam, isso cria um bloqueio de leitura. Eu sei que você disse que está usando o innodb, então existem algumas soluções por aí.
Eu começaria verificando essa ferramenta. link Os caras do Percona são considerados alguns dos especialistas no mysql e esta é uma das ferramentas deles para fazer um 'hot backup' das tabelas innodb. Isso significa que você pode executá-lo mesmo enquanto seu banco de dados estiver em uso. Eu pessoalmente não tenho nenhuma experiência com isso ainda.
O site no qual estou trabalhando atualmente tem centenas de usuários simultâneos e, para fazer backups confiáveis, primeiro precisamos configurar a replicação para um escravo. Então nós rodamos mysqldump no slave, o que não perturba o desempenho no servidor master. Leia mais sobre replicação aqui: link
Eu acredito que o sentido é que você quer rodar backups uma vez por dia usando um método muito confiável como o mysqldump. Entre você tem um mestre e escravo replicando e produzindo logs binários. Os logs binários podem ser usados para fazer pequenas capturas. Na minha experiência, as ferramentas de backups quentes tendem a bloquear uma operação ou outra, levando a que um usuário ruim tenha uma experiência ruim.