Em primeiro lugar, leia o artigo da KB aqui: link
Este é um comportamento padrão e interno do servidor Windows e destina-se a evitar o uso desnecessário de recursos do servidor.
Agora, a questão de por que seus aplicativos precisam de uma unidade de rede mapeada e por que eles não estão se conectando via UNCs precisa ser solicitada e respondida.
Supondo, entretanto, que há uma razão válida para isso, uma abordagem possível seria ter um trabalho regular que mantenha a unidade mapeada "aquecida", por exemplo, colocando um arquivo de 1 byte nele a cada 10 minutos (sobrescrevendo o arquivo anterior de 1 byte de 10 minutos atrás).
Mas ainda assim pergunto por que os aplicativos precisam de mapeamentos de unidade.