Sim, você pode nomear seus pontos de montagem praticamente da maneira que quiser (embora existam convenções sobre "o que é geralmente armazenado / montado sob qual caminho"); Entretanto, você sempre precisará de um sistema de arquivos / (root) para montá-los para . Eu não posso garantir que cada e todos os programas permaneçam estáveis (programadores são preguiçosos e propensos a suposições não razoáveis), mas no geral não deve haver muitos problemas.
No entanto, as convenções significam que muitos softwares estão procurando por coisas nos lugares usuais - por exemplo, para montagens "estilo Windows", a pasta / mídia é usada (muitos programas verificam "unidades montadas"); se você montar suas unidades em outro lugar, elas estarão acessíveis, mas você precisará lembrar onde as colocou;)
Observe que os programas instalados através do (s) gerenciador (es) de pacotes geralmente residem em /usr ; Se você quiser mudar isso , pode ser um pouco mais trabalhoso (mas ainda assim possível).
Também é possível "vincular a montagem" de um sistema de arquivos ou de sua parte, tornando os arquivos acessíveis de várias maneiras - por exemplo, você pode ter /home/user acessível como /U/ fazendo mount --bind /home/user /U ; Para detalhes, consulte o link