Um truque seria usar o PATH para incluir o que você deseja primeiro. Isso é provavelmente um hack embora.
Se você estiver usando o Rails 2.x (que eu suponho que você é) você pode executar especificamente coisas com um caminho lá, como:
/usr/local/bin/ruby script/server
(para o modo de desenvolvimento, por exemplo).
Se você estiver usando algo como o Phusion Passenger, que eu pessoalmente recomendo, acho que ele pode ser definido globalmente para a configuração do servidor da web. Não tenho certeza se você pode fazer isso por host virtual usando o Passenger, mas não parece que você precisa disso.