Uma das razões pelas quais o custo da instância do Windows da Amazon é maior do que o do Ubuntu é porque você tem que pagar pela sua licença do Windows, como você licenciará a instância do Windows que você instalou? Também tenho certeza de que o único tipo de licença de suporte da MS no EC2 será o licenciamento do SPLA, portanto, a menos que você tenha um contrato de licença do SPLA, precisará fazer um para você, que custará mais e provavelmente o preço de volta até o que a Amazon cobra.
A menos que você esteja planejando não ter uma licença para o Windows, e você não faria isso ... você faria?