Então, vamos fazer o backup do diretório / diretório e de tudo nele, mas ignorando quaisquer arquivos chamados IGNORE-ME.
tar -cf backup.tar /directory --exclude "IGNORE-ME"
Se não estivesse nevando, eu provavelmente diria que man tar
é tão bom quanto o RTFM (e o google 'tar exclude file' é ainda mais rápido).