Você posta a saída de sites-availble , a pasta correta deve ser sites-available . Você de alguma forma conseguiu renomear o diretório com todas as configurações nele e a próxima reinicialização do apache irá quebrar todos os seus sites, ou você criou uma segunda pasta com configurações nele, da qual o apache não irá ler o seu novo arquivo. De qualquer forma, corrija o nome do diretório.