Se você deseja implantar em dois locais diferentes no Azure, precisará fazer isso com dois vNets separados (como vNets estão em uma região) e, em seguida, juntá-los. A maneira mais fácil de fazer isso hoje é usar peering vNet, isso permite que você conecte dois vNets juntos (na mesma região ou agora em regiões separadas) sem a necessidade de configurar VPNs, muito mais simples. Observe que o peering de região cruzada está atualmente em pré-visualização.
Depois de fazer isso, basta configurar a replicação do AD como faria normalmente.
A configuração de peering pode ser feita nos modelos de portal, PowerShell ou ARM, documentação: