Você pode atribuir os usuários a aplicativos nativos usando cmdlets no PowerShell.
Os cmdlets a seguir atribuem um usuário a um aplicativo sem funções.
$appId = (Get-AzureADApplication -SearchString “<Your App's display name>”).AppId
$user = Get-AzureADUser -searchstring "<Your user's UPN>"
$servicePrincipal = Get-AzureADServicePrincipal -Filter “appId eq ‘$appId'”
New-AzureADUserAppRoleAssignment -ObjectId $user.ObjectId -PrincipalId $user.ObjectId -ResourceId $servicePrincipal.ObjectId -Id ([Guid]::Empty)
Mais informações sobre o comando para atribuir um usuário a uma função de aplicativo, consulte o seguinte artigo.