Eu configuraria o domínio em paralelo. (Como a menção do JohannesM, é melhor você usar um domínio real para isso)
O único detalhe que seu post perdeu é para o DHCP. Você precisa dele para o computador linux, ou você pode usá-lo para o computador do seu domínio Windows?
Eu pergunto como você pode definir manualmente o DNS em algum computador que precisa estar no domínio do Windows (ou vice-versa, dependendo do parque que você gerencia). Eu não apontaria todos para um DNS. Do seu exemplo, eu configuraria os 5 computadores para usar o DNS do Windows e outros computadores para usar seu servidor de ligação.
Depois disso, você cria um encaminhamento condicional para o seu exemplo. A zona local no servidor DNS do Windows e a zona direta em seu servidor de ligação para redirecionar para o servidor do Windows dns.