As conversões do ext3 não utilizam totalmente as extensões. Ele simplesmente atualiza os inodes e os deixa como extensões de tamanho 1. Se você executar os arquivos por meio de um programa como tar, poderá adquirir arquivos de extensões compactados melhores.
Também importa como você converteu de ext3 para ext4; opções diferentes têm capacidades diferentes e podem afetar o tempo do fsck. Além disso, acho que uma unidade completa levará mais tempo para o fsck; você está verificando alguns dados de 200 GB, afinal, e provavelmente triplicou o tamanho que os inodes ocupam.
O que você pode fazer é arquivar um bug com a distribuição que construiu o kernel que você está usando, ou o bugzilla do kernel diretamente. Esse é o tipo de comportamento que o upstream está interessado em diagnosticar e consertar, afinal.