Por que você está usando scp
para copiar arquivos grandes em primeiro lugar? scp
tem sua própria sobrecarga (criptografia, verificação de autenticidade, etc).
Você pode usar rsync
(o rsync é muito adequado para transferir arquivos grandes sobre o ssh porque ele é capaz de continuar transferências que foram interrompidas devido a algum motivo. Como ele usa funções hash para detectar blocos de arquivo iguais, o recurso continuar é bastante robusto.) ou alguma outra ferramenta.
Por favor, veja este post. Copiando arquivos grandes pela rede, mais rápido
Se você quiser usar o scp de qualquer forma, use traceroute
e tcpdump
e iftop
para ver os pacotes da origem ao destino. Pode ser que você encontre algo incomum.