Separe o arquivo PEM em dois arquivos DER (um para a chave privada e outro para o certificado):
openssl x509 -in yourperm.pem -outform DER -out yourcert.crt
openssl pkey -in yourpem.pem -out yourkey.key
Também vale a pena observar que o arquivo PEM realmente tem a chave e o certificado ao lado um do outro no texto do plano. Você pode abrir o arquivo e cortá-los / colá-los em dois arquivos também.