Um CNAME não pode ter outros registros ao lado dele. Uma solicitação para registros TXT (ou qualquer coisa como MX, A etc.) seguirá os registros CNAME e receba my-instance-id.elasticbeanstalk.com. TXT (se houver).
O uso do tipo de registro ALIAS do Route53 em vez de CNAME é a solução recomendada. O ALIAS parece um registro normal de A para o mundo externo, mas reflete as alterações de endereço IP na instância do Elastic Beanstalk automaticamente.