Parece que você está confuso com as 2 pilhas do PHP disponíveis no repositório remi.
- php- * packages = pacotes básicos com configuração em / etc
- php56-php- * packages = coleções de software para instalação paralela com configuração em / opt
Veja também as Perguntas frequentes
And Apache installation in phpinfo() shows: Loaded Configuration File /opt/remi/php56/root/etc/php.ini
Isso significa que você está usando a versão do SCL. Então você precisa do php56-php-mysqlnd
I already included following in php.ini
Você nunca precisa alterar o php.ini, cada pacote fornece seu arquivo de configuração que habilita a extensão (e garante a ordem de carregamento correta, por exemplo, pdo "before" pdo_mysql)
Eu recomendo que você siga os Assistente de configuração resultados