Há muitas maneiras de protegê-lo:
- Divida sua rede para VLANs. Você pode configurar o roteamento entre as VLANs que precisam se comunicar entre si.
- Configurar firewalls internos para não permitir pacotes DHCP que não sejam de um servidor autorizado (ou seja, detectá-lo com IP de remetentes)
- Use 802.1x para autorização de cada cliente conectado à rede. Esta é a melhor solução, mas mais lenta de implementar (você precisa verificar e adicionar cada dispositivo manualmente). Claro que você pode configurar isso apenas em portas acessíveis, os servidores não precisam verificar isso.
Não há um marcador de prata sobre como evitar com segurança servidores DHCP ruins e não limitar seus usuários, você precisa equilibrá-los.